调查内容涵盖全国所有设市城市和县城（城关镇）公共供水的水源和出厂水水质情况，调查工作包括水质基本情况，2008年城市和县城(城关镇)公共供水水质基本情况以及近期水质检查发现的水质问题；检测水质，主要内容为以地下水为水源的公共供水厂，检测出厂水CODMn、铁、锰、氟化物、氯化物、硫酸盐、硝酸盐、砷、总硬度、浑浊度、消毒剂余量、色度、肉眼可见物等13项指标。以地表水为水源的公共供水厂，原水检测CODMn、氨氮和浑浊度；出厂水检测CODMn、氨氮、浑浊度、消毒剂余量、色度、肉眼可见物等6项指标。　　

    住房和城乡建设部要求，各地当与2009年6月25日前完成水质基本情况的汇总统计，并将纸质材料和同版电子文档上报部城市建设司。于2009年6月30日前将检测数据的纸质报告上报建设部城市供水水质监测中心，建设部城市供水水质监测中心于2009年7月10日前完成有关数据汇总分析工作，8月15日前提交水质普查报告。